Zagrebaka III. gimnazija osnovana je još davne 1922. godine kao III. muška gimnazija. Uz izmjene na programima koje je izvodila Gimnazija uspješno radi i djeluje do 1978. godine, kada je provedena reforma školstva i kada je kao i sve ondašnje gimnazije ukinuta, a zajedno s PTT školskim centrom osniva PTT obrazovni centar.
Ponovno osnivanje Gimnazije je doivjela 1991. godine kada je Odlukom Skupštine Grada Zagreba od 12. srpnja ukinut PTT obrazovni centar. Izmjenama i dopunama Zakona o srednjem školstvu (“NN” 59/01) osnivaem Gimnazije odreen je Grad Zagreb.
Prvotno je Odlukom o osnivanju djelatnost Gimnazije bila ostvarivanje programa prirodoslovno - matematike gimnazije. Kasnije, Rješenjem Ministarstva prosvjete i športa, djelatnost Gimnazije je proširena tako da poevši od školske godine 1994/95. Gimnazija pored programa prirodoslovno - matematike gimnazije izvodi i program ope gimnazije.